در این زیر سیستم امکان کنترل کیفیت آزمایشاتی که در آزمایشگاه انجام می شود بر اساس برنامه های سالانه آزمایشگاه فراهم است. درحال حاضر می توان کیفیت آزمایشات را بر اساس روش های مقایسه استاندارد نظیر روشهای زیر مورد ارزیابی قرار داد:
- روش باقیمانده موارد آزمون (روش تحلیل F-Test)
- روش تکرار پذیری (روش تحلیل شوان)
- روش مقایسه با ماده مرجع (روش تحلیل T-Test)